Kommisjonen har som oppgave å vurdere rapporter fra sakkyndige i barnevernssaker, jf. barnevernloven § 2-5. Loven § 7-24 tredje ledd bestemmer at «sakkyndighetsbevis kan bare legges til grunn av retten om det har vært vurdert av Barnesakkyndig kommisjon», jf. § 7-5 tredje ledd. I Ot.prp.nr.68 (2007-2008) side 25 er uttalt følgende om kommisjonens oppgave:
«Departementet mener at opprettelsen av en Barnesakkyndig kommisjon som skal evaluere de rapporter de sakkyndige utarbeider, vil kunne bidra til å øke den private parts tillit til de sakkyndiges utredninger.
Utvalget foreslår at en Barnesakkyndig kommisjon også skal kvalitetssikre rapporter innhentet av fylkesnemnda og domstolene.
Departementet legger til grunn at fylkesnemndene og domstolene gjennom sin sammensetning innehar fagkyndig kompetanse og dermed langt på vei vil kunne foreta en selvstendig vurdering av kvaliteten på den sakkyndiges rapport. Avgjørelsen i en barnevernssak er som tidligere nevnt av særdeles inngripende karakter. Departementet mener derfor at det generelt er viktig å skape legitimitet for avgjørelsen og tillit til behandlingen, uansett hvilket nivå barnevernssaken behandles på. Det er viktig at avgjørelsene er riktige og at det utad er synlig at de premisser avgjørelsen bygger på er forsvarlige. En egen kvalitetssikring av de rapporter nemndas og domstolens avgjørelse bygger på, vil kunne bidra til å sikre dette. Hensynet til å skape et mest mulig helhetlig kontrollsystem tilsier at også rapporter innhentet av nemnda og domstolen underlegges uavhengig kvalitetskontroll.»
Etter forskrift om Barnesakkyndig kommisjon § 2 skal kommisjonen nytte retningslinjer for sakkyndig arbeid som underlag for sin vurdering. Om betydningen av de faglige kriterier som ligger til grunn for kommisjonens arbeid, er uttalt følgende i proposisjonen side 26:
«Departementet ser på generelt grunnlag et behov for å fastsette veiledende, faglige retningslinjer for sakkyndige rapporter som framlegges for beslutningstaker i forvaltningen, fylkesnemnda eller domstolen. Veiledende, faglige retningslinjer vil være et godt utgangspunkt for å skrive rapporter som er av en slik kvalitet at bl.a rettsikkerhet, faglighet, etiske betraktninger og kritisk anvendelse av metoder er ivaretatt.»